Tot i que tant l'isopropanol com l'etanol isopropanol estan compostos per carboni, hidrogen i oxigen, les seves estructures moleculars difereixen. L'isopropanol té la fórmula molecular CH3CH2CH2OH, el que el converteix en un compost orgànic saturat de tres-carbons, mentre que l'etanol isopropanol té la fórmula molecular (CH3)2CHOH, el que el converteix en un compost orgànic que conté un àtom de carboni quiral.
Els punts d'ebullició difereixen: l'isopropanol bull a 97,2 graus, mentre que l'etanol isopropanol bull a 82,4 graus. A temperatura ambient, l'isopropanol és un líquid transparent i incolor, mentre que l'etanol és un líquid groc pàl·lid.
La solubilitat és diferent: a causa de les seves diferents estructures moleculars, l'isopropanol i l'etanol són solubles de manera diferent. L'isopropanol té una solubilitat del 10,6% (en volum) en aigua, mentre que l'etanol isopropanol té una solubilitat superior, arribant al 50% (en volum).
Acidesa/equilibri: tant l'isopropanol com l'etanol són alcohols, amb una acidesa moderada i capaços de patir reaccions catalitzades per bases-.
